昆明动物所与基因组所联合开发iDog数据库

昆明动物研究所 张湘泉 2018-11-07

  近日,由中国科学院昆明动物研究所与中科院北京基因组研究所合作开发的犬科动物数据库iDog正式上线。该研究成果以iDog:an integrated resource for domestic dogs and wild animals为题,在国际学术期刊Nucleic Acids Research上在线发表。 

  家犬毫无争议是人类最好的朋友之一,同时也是许多人类遗传病的基础研究模型。iDog是第一个家犬与野生犬科动物整合性资源数据库,它不仅提供了丰富的组学数据,基因组拼接数据,基因表达谱数据,犬类疾病及相关表型信息,而且还整合了序列比对工具用于线上数据分析,以及基因组浏览器用于数据可视化。iDog的建立,不仅有利于全球范围内犬科动物的研究,同时还为大量的爱狗人士提供了一个用户友好的界面查找相关宠物狗信息。 

  iDog具有良好的可拓展性和持续性等特点,其包含的主要模块有基于127个家犬样本基因组重测序数据产生的变异信息数据库、含有32220个基因的犬科动物基因数据库、基于RNA-Seq测序数据的基因表达数据库、犬科动物相关疾病的文献数据库、人-狗疾病同源信息数据库、犬科动物基因组拼接数据库等。iDog计划后续整合更多的组学数据,在Dog10K项目的背景下,持续更新高质量的数据集,逐步转化成犬科动物基础研究的信息知识宝库。 

  昆明动物所研究员王国栋和基因组所正高级工程师赵文明为文章的共同通讯作者。该项目得到了中科院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发计划、中科院国际伙伴计划、中科院“十三五”信息化专项、中科院关键技术人才项目、中科院“百人计划”、中科院青年创新促进会等基金资助。 

  论文链接: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gky1041/5146205   

昆明动物所与基因组所联合开发iDog数据库